1955年，在中学开始建立中共党支部，统一领导学校工作。到1961年，全省有151所中学建立了党支部，占全省中学总数的60.9%。1963年，实施《全日制中学暂行工作条例（试行草案）》后，党支部的主要任务是：领导学校思想政治工作和党的建设工作；领导学校共青团、学生会、工会和其他群众组织；教育党员，团结群众，正确执行党的方针政策。
1966年“文化大革命”开始后，中学行政组织机构被搞乱，处于瘫痪状态。1967年起，各校先后成立“革命委员会”，革委会下一般分设政工组、教育革命组和后勤组。
1978年，取消革命委员会，恢复校长制，下设教导处和总务处。同年，贯彻教育部重新颁布的《全日制中学暂行工作条例》（试行草案），中学实行党支部领导下的校长分工负责制，学校的重大问题要经过党支部讨论决定。
（三）教学管理
据《甘肃省教育志》记载，1949年甘肃解放后，人民政府采取“维持现状，立即开学”的原则，要求学校尽快复课。1950年3月，西北军政委员会颁发《西北区中学教育暂行实施办法》，根据新民主主义教育原则，建立学校的各项教学管理制度。
