在政治上，桑卡拉在“人民民主革命”的旗帜下，“视资产阶级为打击对象，以工农大众为动力”，视前政府官员为“革命的阻力”，进行清洗，逐渐疏远与他风雨同舟、功勋卓著的战友和同事们，对曾合作共事的独立党加以排斥和打击，把政府中的数名独立党部长统统革职，桑卡拉在最高领导层几乎成了光杆司令。
在外交上，桑卡拉以“进步国家”的元首自居，随意攻击邻国，由于称科特迪瓦、马里、多哥、尼日尔等国为“落后”的，甚至是“反动”的国家，使这些邻国疏远了布基纳法索。布基纳法索越来越势单力薄，空前孤立。这引起孔波雷等一些高级官员的反对。桑卡拉独揽大权，在重大问题上，往往不经集体商议，尤其不听取孔波雷等人的意见，时常由他个人做出重要决定，成了独断专行的化身。
1983年“人民民主革命”四周年前夕，他提出解散全国左派组织，成立由他领导的布基纳法索统一政党的主张被孔波雷等人否决。这次失败，对桑卡拉是个不小的打击。桑卡拉深感困惑与焦虑。1987年8月，布基纳法索革命进入休整阶段，桑卡拉着手调整内外政策。8至9月，他与孔波雷及其他政府官员的分歧和矛盾完全公开、尖锐化了。孔波雷怀疑8月份在瓦加杜古街上出现的攻击他和其他人的传单是桑卡拉所指使。9月3日，在全国革命委员会会议上，孔波雷首先发起进攻，要桑卡拉出面澄清此事，桑卡拉执意拒绝。此间，在瓦加杜古街头还出现了“谁反对桑卡拉，谁就是反革命”的标语。这恰似一颗颗重型炮弹，无情地射向孔波雷。