魏忠贤不但掌握着代皇帝草拟批文的大权，还指挥特务机构东厂，掌握着具有逮捕官员权力的锦衣卫，又在宫中组织了一支有上万人的宦官武装。在朝堂上，他与那些反对东林党人的官僚政客相互勾结，控制了朝政大权。他们成为明朝后期最反动的一个政治集团，东林党人骂他们为“阉党”。
敢作敢为的东林党人与阉党进行了不屈不挠的斗争。1624年，左都御史杨涟首先抨击魏忠贤，列举了他的二十四条大罪，其中有专权、私自批答圣旨、罗织罪名残害忠良、给魏家亲属滥封官职、在皇宫里练兵等。接着，更多的东林党人对魏忠贤进行了口诛笔伐，连国子监的一千多名师生也都上疏弹劾魏忠贤。
魏忠贤对此切齿痛恨，疯狂反扑。第二年，他就找了个借口，将人们尊称为“六君子”的杨涟与佥都御史左光斗等六个著名的东林党人逮捕下狱，严刑拷打，逼他们承认根本不存在的罪行。“六君子”在狱中受尽酷刑。杨涟身上被压上沉重的麻袋，耳朵里被钉进发锈的铁钉；左光斗全身被狱卒用烧得通红的烙铁熨烙，脸部被烧得焦烂，已面目全非，左膝盖以下的筋骨全都暴露出来。
