17世纪中叶，格鲁派寺庙集团和信奉格鲁派的青海蒙古和硕特部首领固始汗，归附了尚未进关的清皇室，紧接着，第五世达赖喇嘛阿旺罗桑嘉措又凭借固始汗的兵力，掌握了西藏地方政权。清顺治九年（1652），第五世达赖喇嘛应顺治皇帝的邀请，来到北京，受到清朝隆重的款待。第二年，五世达赖返回西藏，临行前，清朝赐给他金册、金印，封他为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”。从此以后，达赖喇嘛的政教地位和职权，才被正式确定了下来，而且此后历世达赖喇嘛，都必须经过中央政权的册封，成为一项制度。
第五世达赖喇嘛的师父是日喀则扎什仑布寺的讲经法台罗桑确吉坚赞。罗桑确吉坚赞是一位佛学知识渊博的高僧，被人尊称为“班禅”（“大学者”的意思）。当固始汗帮助格鲁派寺庙集团取得西藏地方政权以后，固始汗又赠给班禅罗桑确吉坚赞以“班禅博克多”（“博克多”是蒙语“圣者”的意思）的名号。班禅死后，扎什仑布寺的上层喇嘛把他定为第四世班禅，同时又向上追认了三世。第一世班禅是宗喀巴的门徒克主杰。自第四世班禅起，历世班禅都以扎什仑布寺为母寺。
清康熙五十二年（1713），第五世班禅罗桑意希来到北京，康熙皇帝封他为“班禅额尔德尼”（“额尔德尼”，是蒙古化的梵语，“珍宝”的意思），赐给他金册、金印，确定了他的政教地位和职权，也规定了此后历世班禅额尔德尼都必经中央政权册封的制度。