为严密控制部队弁勇，曾国藩制定了各种条规，要求各营从凌晨到晚间二更，站墙子、看操、点名各两次，每月营官亲自点名看操四五次。同时，还严禁赌博、鸦片、奸淫，对“造言谤上，离散军心”、“妖言邪说，摇惑人心”、“结盟拜会，鼓众挟制”者，轻则严究，重则斩首。
湘军对招募的弁勇厚给粮饷。曾国藩定正勇月饷4.2两，亲兵护勇略过此数。营官月饷50两，外给公费银159两，以为支付帮办等人月薪、置办旗帜号衣等费用。但其结余归入营官私有。水师营官、舱长、炮手分别与陆营营官、什长、正勇相同。营官以上之统领的饷银，则视所统营多少为定，3000人以上者，每月加银百两，5000人以上者，加200两。湘军粮饷虽不及其他勇营中之最高者，但已大大优于绿营。正勇月饷高于绿营马兵一倍，高于战兵、守兵三四倍，与一般农民的年收入更有天渊之别。因粮饷丰厚，农民踊跃应募，甚至有出钱贿买入伍者。
湘军有自己的后勤保障体系。清廷定制是兵饷分离，统兵将帅只管带兵，平时由户部按定制拨发，出征则另派大臣主持粮台，办理各种后勤工作。太平军兴后，清王朝国库日绌，饷源日窘，有时甚至无款可拨，只能听任将帅自筹。曾国藩初时依靠抚藩拨款，但不久即决计自筹，拟定章程，派人设局劝捐。同时，又自行设厂造船，制造军火武器，甚至雇用大批民船，与水师同进止，储运部队各种作战和生活物资。在当时的条件下，湘军不如此即无以自立，更谈不上发展了。